2009年，当麻纱绫（户田惠梨香饰）同濑文焚流（加濑亮饰）七嘅前一年。喺美国FBI学成归来嘅当痹畀分喺警视厅警察部警察第五堂未详单嘢特别对策绑，接受组长野野村光太郎嘅直接领导。此前冇几耐，某大型石油企业高管接连畀人杀害，死者嘅心无一例外都要畀人用手捻过嘅痕迹。显而易见，呢一系列单嘢同所谓嘅SPEC持有者有住鬼咁密切嘅联系。与此同时，石油企业高管Diablo（大杉涟饰）D高薪聘请神秘SPEC持有者一十一（神木隆之介饰），企图阻挡神秘嘅SPEC杀手。一十一，呢个第日与当痹同濑文有住不解渊源嘅难缠敌手将当痹视作杀害父母嘅爆弹女，之后，更加劈友咗当痹喺美国结识嘅好友Nancy。SPEC宏大篇章自此拉开序幕，决定世界命运嘅重大单嘢都进入咗倒数计时……