故事发生在一个平行宇宙中，夏亚带领吉翁公国军成功赢得了一年战争。这一重大历史转折改变了地球联邦与吉翁公国间的权力格局。在漂浮于宇宙的殖民卫星上，女高中生天手让叶邂逅了难民少女尼娅安，两人意外卷入了一个非法的MS决斗竞技场——“军团战”。在此过程中，她们驾驶着最新型的神秘MS“GQuuuuuuX（吉夸克斯）”，同时被通缉的神秘MS“高达”的驾驶员修司伊藤也悄然现身。两位年轻人的命运因此交织在一起，梦想与希望在宇宙中重新绽放，为宇宙世纪书写了新的篇章……gt