在漆黑的夜色中，一名间谍潜伏至日本警方的某个机构，成功窃取了记录着各国情报组织关键信息的绝密文件。日本警方与FBI探员赤井秀一（由池田秀一配音）立刻展开了无情的追击。最终，逃亡者驾驶的车辆不幸跌落悬崖。次日，柯南（由高山南配音）和他的伙伴们前往东都水族馆游玩，却意外发现了一位受伤的美丽女子（由天海佑希配音）。她显得迷茫而失忆，手机也因损坏而无法使用。柯南一行人决定帮助她找回记忆，而在此期间，潜藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德（由小山茉美配音）冷冷地注视着这一切。随着时间的推移，女子那不凡的身手和古怪的举动引起了灰原哀（由林原惠美配音）的怀疑，她开始质疑女子的真实身份。gt